Regar uma panela com azeite e dourar a cebola e o alho.
Juntar o tomate pelado, os tomates picados e o extrato de tomate. Temperar com sal, pimenta, adicionar tomilho e deixar cozinhar por 10 minutos. Reservar.
Derreter a manteiga em uma panela, juntar a farinha e mexer bem. Adicionar o leite e seguir mexendo para não empelotar. Temperar com sal, noz moscada e reservar.
Dispor uma porção de molho branco em um refratário e fazer uma camada de massa, uma de queijo, uma de presunto e cobrir com o molho vermelho. Cobrir com a massa, e seguir alternando as camadas, com molho vermelho. Finalizar com uma camada de molho branco, uma de massa e uma de queijo.
Levar ao forno preaquecido a 180 graus por, aproximadamente 1 hora ou até que o queijo esteja gratinado.